Aplikasi PicKlinik dapat diatur sesuai kebutuhan klinik. Untuk mengakses pengaturan aplikasi klik pada menu Pengaturan lalu klik sub-menu Pengaturan Aplikasi.
Pengaturan aplikasi terdiri dari 3 jenis yaitu:
Pengaturan umum berisi pengaturan untuk kustomisasi kebutuhan klinik. Pengaturan tersebut antara lain.
Pengaturan Modul berisi pengaturan untuk mengaktifkan atau me-nonaktifkan modul sesuai fasilitas yang ada klinik. Misal klinik gigi perlu mengaktifkan modul klinik gigi untuk mengaktifkan fitur terkait klinik gigi seperti odontogram. Modul yang dapat dikustomisasi antara lain.
Pengaturan Form merupakan pengaturan isian apa saja yang tersedia untuk input data. Misal form input data pasien.